南京农业大学前身可溯源至1902年三江师范学堂农学博物科和1914年私立金陵大学农科。1952年，全国高校院系调整，以金陵大学农学院和南京大学农学院原国立中央大学农学院为主体，以及浙江大学农学院部分系科，合并成立南京农学院。1963年被确定为全国两所重点农业高校之一。1972年学校搬迁至扬州，与苏北农学院合并成立江苏农学院。1979年迁回南京，恢复南京农学院。1984年更名为南京农业大学。2000年由农业部独立建制划转教育部。
学校的人才培养涵盖了本科生教育、研究生教育、留学生教育、继续教育及干部培训等各层次，建有“国家大学生文化素质教育基地”、“国家理科基础科学研究与教学人才培养基地”、“国家生命科学与技术人才培养基地”和植物生产、动物科学类、农业生物学虚拟仿真国家级实验教学中心，是首批通过全国高校本科教学工作优秀评价的大学之一，2000年获教育部批准建立研究生院，2014年首批入选了国家卓越农林人才培养计划。
学校拥有作物学、农业资源与环境、植物保护和兽医学等4个一级学科国家重点学科，蔬菜学、农业经济管理和土地资源管理等3个二级学科国家重点学科，及食品科学国家重点培育学科。第四轮全国一级学科评估结果中，作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理4个学科获评A+，公共管理、食品科学与工程、园艺学3个学科获评A类。有8个学科进入江苏高校优势学科建设工程。农业科学、植物与动物科学、环境生态学、生物与生物化学、工程学、微生物学、分子生物与遗传学、化学等8个学科领域进入ESI学科排名全球前1%，其中农业科学、植物与动物科学等2个学科已经进入前1‰，跻身世界顶尖学科行列。
学校建有作物遗传与种质创新国家重点实验室、国家肉品质量安全控制工程技术研究中心、国家信息农业工程技术中心、国家大豆改良中心、国家有机类肥料工程技术研究中心、农村土地资源利用与整治国家地方联合工程研究中心、绿色农药创制与应用技术国家地方联合工程研究中心等66个国家及部省级科研平台。“十二五”以来，学校科研经费超26亿元，获得国家及部省级科技成果奖100余项，其中作为第一完成单位获得国家科学技术奖8项。学校凭借雄厚的科研实力，主动服务社会、服务“三农”，创造了巨大的经济社会效益，多次被评为国家科教兴农先进单位。
学校校区总面积9平方公里，建筑面积74万平方米，资产总值35亿元。图书资料收藏量235万册（部），拥有外文期刊1万余种和中文电子图书500余万种。学校教学科研和生活设施配套齐全，校园环境优美。
在百余年办学历程中，学校秉承以“诚朴勤仁”为核心的南农精神，始终坚持“育人为本、德育为先、弘扬学术、服务社会”的办学理念，先后培养造就了包括54位院士在内的20余万名优秀人才。
展望未来，作为近现代中国高等农业教育的拓荒者，南京农业大学将以人才强校为根本、学科建设为主线、教育质量为生命、科技创新为动力、服务社会为己任、文化传承为使命，朝着世界一流农业大学目标迈进！
